Le texte général le plus récent concernant les préfets est le décret n°2004-374 du 29 avril 2004 relatif aux pouvoirs des préfets, à l'organisation et à l'action des services de l'Etat dans les régions et les départements. Le préfet est dépositaire d'une autorité à compétence générale (incluant notamment l'ordre public et le contrôle de l'activité des collectivités territoriales) qui se double d'une autorité sur la majorité des services déconcentrés dits spécialisés. Le décret rappelle néanmoins que cette autorité ne s'étend pas sur toutes les activités de l'Etat au niveau local.
Certaines d'entre elles ne relèvent même pas du champ d'application du décret. D'autres sont soumises à des règles d'organisation particulières. Les raisons de ces exceptions sont variées, parfois liées à l'organisation du système administratif français. Ces situations posent toutes des difficultés au regard du droit et de la gestion publics. En effet, l'article premier du décret de 2004 rappelle la position centrale du préfet en matière de mise en œuvre des politiques étatiques, rôle que lui avait déjà conféré Napoléon Ier (article 3 de la loi du 28 pluviôse an VIII). L'article 72-6 de la Constitution dispose en outre que le préfet a « la charge des intérêts nationaux ». Il semble donc étonnant que certaines des missions essentielles que l'Etat est sommé de remplir soient assurées en dehors du cadre naturel de son action au niveau local.
Certains services déconcentrés ne peuvent être soumis à l'autorité du préfet, du fait des grands principes régissant l'action de l'Etat en France. D'autres services ont été exclus du champ de compétences préfectorales pour des raisons plus spécifiques. Les préfets disposent néanmoins d'instruments permettant d'assurer la cohérence de l'action de l'Etat au niveau local, sans pour autant que les formes les plus récentes que cette action a empruntées n'aient été totalement explorées.
[...] La formation sportive relève quant à elle des directions régionales de la Jeunesse et des Sports, dont les compétences sont autonomes par rapport à l'autorité préfectorale depuis le décret n°84-610 du 16 juillet 1984. L'enseignement agricole est pour sa part organisé localement par les directions régionales de l'Agriculture et des Forêts. Enfin, les collectivités territoriales ont été progressivement chargées de l'entretien des établissements scolaires, aux communes relevant les établissements du primaire, aux départements les collèges, les régions étant en charge des lycées. Les préfets disposent, sur l'ensemble de ces activités, d'une compétence en matière d'investissements. [...]
[...] Les actions d'inspection de la législation du travail constituent un autre domaine dans lequel le pouvoir d'intervention du préfet est faible. Ces dernières sont soumises aux directions régionales du travail, de l'emploi et de la formation professionnelle, ainsi qu'aux inspecteurs de la législation du travail en agriculture, qui relèvent des directions départementales de l'Agriculture et des Forêts. Le paiement des dépenses publiques, la détermination de l'assiette et du recouvrement des impôts et des recettes publiques, les évaluations domaniales et la gestion des biens de l'Etat ainsi que les modalités d'établissement des statistiques sont également exclues du champ de compétence des préfets. [...]
[...] Cette indépendance doit également être garantie pour les services liés à l'activité juridictionnelle, dont les services déconcentrés (directions départementales et régionales de la protection judiciaire de la jeunesse, les directions régionales de l'administration pénitentiaire p. ex.) sont exclus du champ de compétences des préfets. Il convient de noter que le préfet conserve, à l'égard de l'ensemble de ces organismes et services, une compétence en matière d'investissements civils. L'administration de la défense nationale échappe traditionnellement à l'autorité du préfet. Ainsi, la force armée est constitutionnellement mise à la disposition du Gouvernement de la même manière que l'administration, mais en prenant soin de distinguer les deux entités (article 20 de la Constitution). [...]
[...] Les préfets de région sont ainsi responsables des services déconcentrés concourant à la défense civile et économique. Les préfets de département disposent pour leur part d'une autorité fonctionnelle sur les services de gendarmerie afin d'assurer l'ordre public au titre de l'article 2 de la loi pour la sécurité intérieure (loi 2003-239 du 18 mars 2003). Enfin, les neuf préfets de région implantés au siège d'une circonscription militaire ont le titre de préfets de zone pour la défense. Ils ont ainsi autorité sur les activités non militaires des services de la défense nationale (plans de protection et de secours, voire renseignements). [...]
[...] Le préfet est dépositaire d'une autorité à compétence générale (incluant notamment l'ordre public et le contrôle de l'activité des collectivités territoriales) qui se double d'une autorité sur la majorité des services déconcentrés dits spécialisés. Le décret rappelle néanmoins que cette autorité ne s'étend pas sur toutes les activités de l'Etat au niveau local. Certaines d'entre elles ne relèvent même pas du champ d'application du décret. D'autres sont soumises à des règles d'organisation particulières. Les raisons de ces exceptions sont variées, parfois liées à l'organisation du système administratif français. Ces situations posent toutes des difficultés au regard du droit et de la gestion publics. [...]
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